本區位於臺南市之東南端，東經121度，北緯23度，東以中央山脈為界，毗鄰高雄市甲仙、杉林區，南接高雄市內門區，西連龍崎、左鎮，北倚玉井、楠西，並與嘉義縣大埔鄉為界。屬於臺灣南部山區氣候，長年溫和，年平均溫度在攝氏24度間。面積171.52平方公里，耕地面積約3,602公頃，全區面積居臺南市第一位。